MeshLibraryを作成する定番?の手順として.glbファイルをインポートしてきて、新規作成したSceneのroot nodeに貼り付ける方法がありますが、そのやり方の場合各MeshInstanceがNode3Dの子ノードとして登録されます。
この構造で自作のMeshInstanceをMeshLibraryとして登録しようとすると一つだけしか登録されません。
しかし各MeshInstanceの親のNode3Dを削除してroot nodeの直下にMeshInstanceを配置すると全てのMeshInstanceがMeshLibraryに登録されます。
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