概要

• 大学のデータサイエンス系の授業で使うRとPythonの環境セットアップについて書く。
• 今の所のベストプラクティス
• そこまでガチっているわけじゃないので悪しからず…

書きたいトピック

R

• RをVSCodeで使う
• 提出物はRMarkdown
• RStudio

Python

• JupyterNotebook
• 仮想環境

Markdown

ディレクトリ・git管理

R

R in Visual Studio Codeのセットアップ

（前提）R本体やRStudioはすでにインストールされていること

1. 拡張機能インストール

• 画面左端の拡張機能タブで「r」と検索して、上から二つを入れる
  
• R
• R Debugger

2. languageserverをインストール

ターミナル等でRのコンソールを立ち上げる（RStudioでConsoleってなってるやつ）：

% R

languageserverを入れる。雑に言えば補完を効かせるために必要なやつ。

> install.packages("languageserver")

3. コードを書いて実行してみる

src/sample.rなどと適当なRのファイルを作って実行してみましょう。
とりあえずShift+⌘/Ctrl+Enterで実行できます。実行結果は下のターミナルに表示されます。

• 他の実行方法
  • ⌘/Ctrl+Enter: 一行だけ実行
  • コマンドパレット（Shift+⌘/Ctrl+pで開く）でコマンドを検索する
    

RMarkdownを使ってみる

1. RMarkdownとは？

• RとMarkdownが一緒に書ける記法です。JupyterNotebookに似てます。
• 記法など詳しくはこちら： https://kazutan.github.io/kazutanR/Rmd_intro.html

2. RMarkdownをVSCodeで使う

拡張子を.Rmdにすれば自動的にRMarkdownと認識されます。

"files.associations": {
        "*.Rmd": "markdown"
    }

3. RMarkdownの記法

• マークダウン記法
  RMarkdownではマークダウン記法を使うことができます。
  詳しくはこの辺のサイトを見て欲しいのですが、簡単に見出し、リスト、コードブロックなどを書くことができます。

• Rコードブロック
  バッククオート三つでコードを囲うことでコードブロックになります。

実行は次のような方法でできます。

• Run Chunk：そのコードブロックを実行
• Shift + ⌘/Ctrl + Enter：そのコードブロックを実行
• Run Above：一個上のコードブロックを実行

コードブロックの{ }の中にはPythonなどR以外の言語を指定することもできますが、コードを実行できるのはRだけです。

4. プレビュー

RMarkdownを別のタブでプレビューすることができます。
Shift + ⌘/Command + P でコマンドパレットを開き、「R Markdown: Open Preview to the Side」というコマンドを検索しましょう。コマンドパレットは曖昧検索ができるので、雑に「r mark」「preview side」などと打てば出てくると思います。

すると、このように横にプレビューが表示されます！保存するたびにプレビューが更新されます。

5. Knit（エクスポート）

RMarkdownをPDF, HTMLにKnit（エクスポート）することができます。Rmdで書いたレポートをPDFとして出せるのでとても便利です。
ただし、日本語が含まれた文章をKnitするには少々設定が必要です。

そもそもPCにPandocやLaTeXが入っていない場合はそのセットアップが必要かもしれませんが、ここでは省きます。

変換する時にどうやらLaTeXを間に挟んでいるらしい（よくわかってない）のですが、デフォルトで使われているpdflatexでは日本語を使うことができません。そのためいくつか設定を変える必要があります。

最終的に私が使っている設定はこちらです。これをファイルの先頭に書いておくことで、日本語が含まれていてもPDFにKnitすることができます。---は両方必要です。
ちなみにこの部分の記法はyamlという記法で、---の中のことをフロントマターと呼んだりします。

---
output:
  pdf_document:
    latex_engine: xelatex
documentclass: bxjsarticle
classoption: xelatex,ja=standard
geometry: no
---

6. タイトル・氏名・日付を入れる

先ほどのフロントマターに

title: "タイトル"
author: "名前"
date: "`r Sys.Date()`"

を追加することで、このようになります。

補足1: KnitしたいけどLaTeXを入れたくない場合（未検証）

HTMLをエクスポートしてブラウザで開いて、PDFとして保存するのもできます。
pandoc入っていない状態ででできるかは未検証です。

1. HTMLをKnitして出力（「R: Knit Rmd to HTML」）
2. HTMLをブラウザで表示（VSCodeでファイル名を右クリック→「Copy Path」→検索欄にPath貼る）
3. ブラウザで印刷画面を出して（⌘P）PDFで保存

補足2: RMarkdownの詳しい資料

R Markdown Cookbook
R Markdown Cookbook(日本語訳)
https://qiita.com/tomotagwork/items/c92fb40a76f56ea16aa4

参考：https://qiita.com/Ikuyadeu/items/ac8f0852a953829151dd

RMarkdownのTips

数式を改行したい

LaTeXでは\\を挿入することで改行することができますが、RMarkdownをPDFにKnitする時に次のように書いても改行されません。

$$
x = 1 \\
y = 2
$$

次のようにaligned環境を使うことで数式を改行することができます。

$$
\begin{aligned}
x = 1 \\
y = 2
\end{aligned}
$$

また、eqnarray環境や、align環境は$$$$で囲わずに使います(pdfにKnitする時にエラーになる)。