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CRAN mirror の設定

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設定
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昨年から参加しているオンラインスクール mJOHNSNOW の R に関する Slack チャットで CRAN mirror の設定に起因するトラブルをよく見るので、設定方法を確認します。

要旨

  • 以前よく使われていた統計数理研究所 cran.ism.ac.jp は運用終了となり使用できません。
  • R の各種パッケージを入手するための CRAN (The Comprehensive R Archive Network) ミラーサイトは、特別な事情がなければ次のどちらかで問題ありません。
  • 継続的に CRAN ミラーサイトの設定を変更するには、RStudio の設定画面または .Rprofile ファイルでの設定が必要です。

問題の概要

mJOHNSNOW はパブリックヘルスがテーマのオンラインスクールで、R を使った講義も多く行われています。Slack のチャットでよく見かけるトラブルで、

警告: failed to find binary for 'MASS 7.3-60.2' in package repositories
警告: failed to find source for 'MASS 7.3-60.2' in package repositories
警告: error downloading 'https://cran.ism.ac.jp//src/contrib/Archive/MASS/MASS_7.3-60.2.tar.gz' [error code 22]
警告: error downloading 'https://cran.ism.ac.jp//src/contrib/Archive/MASS/MASS_7.3-60.2.tar.gz' [error code 22]
エラー: failed to retrieve package 'MASS@7.3-60.2'

などのメッセージが出てパッケージのインストールができない、というものがあります。

R では、本体に加えてパッケージという形にまとめられた各種の処理（関数）やデータが CRAN (The Comprehensive R Archive Network) というサイトを通じて配布されています。本家 cran.r-project.org へのアクセス集中による負荷を減らすため、各国に本家のコピー（ミラーサイト）が設置・運営されてきました。

この問題は、統計数理研究所で長らく運営されてきて、少し古い資料でミラーサイトの設定によく勧められていた cran.ism.ac.jp というサーバーが 2024年6月で運用終了となって既に存在していない ことによります。

対策

CDNを用いたクラウドベースのミラーサーバー

2017年頃から、CDN (Contents Delivery Network) の仕組みで高速にアクセスできるクラウドベースのミラーサーバーが登場し、そちらを使用することが勧められています。

  • R projct 標準の cloud.r-project.org
  • Posit（旧 RStudio）社が運営する cran.rstudio.com

の2つが現在利用できます。

スナップショット

現在進行中のプロジェクトの都合などで、R 本体や解析用パッケージのバージョンを更新したくない場面もあります。そのような場合には、特定の時点の CRAN の内容を保持している「スナップショット」サービスが有効です。

Posit Package Manager を使った設定については稿を改めます。

実際の使い方

一時的にインストール元を指定する場合

install.packages() のオプション repos = に直接インストール元を指定することができます。

install.packages("MASS", repos = "cloud.r-project.org")

継続的にインストール元を変更する場合

RStudio では、Tools - Global Options... - Packages - Primary CRAN Repository で設定を変更することができます。
ただし、この設定は RStudio 上でのみ反映されます。

RStudio setting

RStudio 以外でも有効にするためには、.Rprofile というファイルに以下のような記載をします。

.Rprofile の場所は R のコンソールで Sys.getenv("R_USER") を実行して表示されたフォルダ（ディレクトリ）です。最近の Windows では、"C:/Users/*****/OneDrive/ドキュメント" のような OneDrive 上にあるかもしれません。ファイルがなければ、新しく作る必要があります。

.Rprofle
options(repos = c(CRAN = "https://cloud.r-project.org"))
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