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Amazon AthenaでPartitionしたParquetファイルを読み込む

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AWSのETLパイプラインのお勉強ということで、S3->Athena->QuickSight構成を試そうとして、ガッツリAthenaにハマったので覚え書きです。業務時間の合間をぬって1.5日くらいかかってしまいました。

またハマるのも嫌なので、備忘録としてまとめておきます。

やりたいこと

  • あるサービスの販売商品のランキングをダッシュボードに表示したい
  • データ量がそれなりになっても対応できるように、parquetでデータは格納する。
  • purquetデータはSageMaker notebookからS3に格納する。

ハマったこと

  • データをpurquetで保存する際に、パーティションを切っていなかった
  • パーティション切ろうと思ったら、AthenaのCREATE TABLE文作りに手間取り、なかなかSELECTが通らなかった
    • 「テーブルに対してクエリを実行するときにゼロ個のレコードが返される」として公式も取り上げてるエラーにはまりました

動作確認済みの手順

以下の手順では、適切なIAMの権限がついている前提で話を進めます。

1/データ準備

ざっくりこんなデータを用意します。中身は適当です。
今回は検証用ということで2万行程度のデータです。これをPythonのDataFrame形式で作成しておきます。今回は便宜上dfとして扱います。

id created_at price product_id product_name ・・・ yyyy mm
0001 2021-07-24 21:54:35 1500 AA001 商品1 ・・・ 2021 07
0002 2021-07-24 22:01:21 2200 AA002 商品2 ・・・ 2021 07

yyyymmcreated_atから作ったパーティション用のカラムです。保存するときとAthenaでCREATE TABLEする時に使います(*1)。

作成したデータをS3に保存します。
この時、amazon wranglerを使って、parquetかつパーティションを指定して保存します(*2)。
実行すると、Hive形式で保存されます(*3)。

詳しくは公式ドキュメントを確認してください。

import awswrangler as wr

wr.s3.to_parquet(
    df=df, #保存したいDataFrame
    path='s3://{bucket_name}/{prefix}', #ご自身の環境に合わせてパス指定してください
    dataset=True,
    partition_cols=['year', 'month'] #パーティションするカラムを指定。複数指定できます。
)

2/AthenaでCREATE TABLE

  • (初めての場合)ログの出力先の設定する
  • まずCREATE DATABASEする
  • CREATE TABLEする
  • データをパーティションにロードする
  • クエリで確認

一番のハマりポイントは「CREATE TABLEする」ことでした。

  • なぜか世の中にparquetのデータをロードしている例が少ない。CSVが多い。
    • Athenaの料金体系的にもparquetでやるのがよいのでは?と思っていたので、結構苦戦した
    • 公式ドキュメントも包括的な情報に行き当たれず。。。
  • PARTITIONED BYやTBLPROPATIESあたりの情報がまとまってない(やりたいことに合致していないとも言う)

DDL文を作る

結果から言うと、ネットの記事をつぎはぎしてわけわからなくなったので、1度AWS Glueでクローラーを作り、テーブルを作成した上で、そのDDL文を利用するのがよいです。

このツイートがとてもよく状況を表していました(拝借させていただきました)

https://twitter.com/deadmau5process/status/1265644643409989632?s=20

DDL文作成の手順

  1. AWS Glue -> クローラ -> クローラの追加(設定をぽちぽち) -> クローラを実行
  2. AWS Glue -> データカタログ|データベース|テーブル -> 1.のクローラでテーブルが作成できていることを確認
  3. Athenaでデータベースを指定。テーブル一覧に2.と同じテーブルがあることを確認したら、テーブル名右の「…」 -> 「Generate Create Table DDL」
  4. DDL文にパーティションを指定するPARTITIONED BY句を指定

最終的にはこんな感じになります。上記の手順で進めるとTABLEPROPATIESにGlueのプロパティなどが大量ついてくるのですが、ほぼなくても動きます。

CREATE EXTERNAL TABLE `test_table`(
  `id` string, 
  `created_at` timestamp, 
  `price` int, 
  `product_id` string, 
  `product_name` string,
  ...
  )
PARTITIONED BY ( 
  `year` string, 
  `month` string)
ROW FORMAT SERDE 
  'org.apache.hadoop.hive.ql.io.parquet.serde.ParquetHiveSerDe' 
STORED AS INPUTFORMAT 
  'org.apache.hadoop.hive.ql.io.parquet.MapredParquetInputFormat' 
OUTPUTFORMAT 
  'org.apache.hadoop.hive.ql.io.parquet.MapredParquetOutputFormat'
LOCATION
  's3://{bucket_name}/{prefix}'
TBLPROPERTIES (
  'classification'='parquet', 
  'compressionType'='none', 
  'objectCount'='1', 
  'typeOfData'='file')

注意点

  • PARTITIONED BY(*4)
    • パーティションに指定したカラムは、CREATEしないことに注意してください
    • PARTTIONED BY()で指定したカラムは、データ型も指定しないとエラーになります
  • LOCATIONはディレクトリを指定してください
    • ディレクトリ直下にはHive形式になったファイル以外は置かないようにする。
    • 別のファイル(例えばcsvとか)置いてあると、読み込めないエラーが出ます
  • ROW FORMAT SERDESTORED AS INPUTFORMATSTORED AS INPUTFORMATのあたりがネットで探してもふんわりしていました。
    • 一応あるんですけど、これって感じにはならなかったです。なのでGlueで通ったDDLを利用するリバース方式を取りました。このリバース方式をとっている方がtwitterでたくさん観測されました。

3/パーティションを有効にする

また、テーブルを作っただけではパーティションが読み込まれるわけではなく、パーティションにロードする(パーティションを認識させてあげる)必要があります。

CREATE TABLEした後に、別のクエリで

MSCK REPAIR TABLE <テーブル名>;

してください。

うまくいけばSELECT文で確認できます。もしくは、Glue crawlerを設定していれば、データカタログのデータベース->テーブルから「パーティションの表示」で確認できるようになります。

これでSELECTしてテーブルがスキャンできれば成功です!

SELECTに失敗したら

AWS公式のこちらをみるとヒントがあるかもしれません。健闘を祈ります。

また、Glueで通っていたDDLを参考にしているはずなのに、、、と言う場合は、Glue上で通っているテーブルと失敗しているテーブルを見比べると差分に気づくかもしれません。自分はこれで、失敗しているテーブルはパーティションが有効になっていないことに気づき、解決できました。

最後に

今回はデータが数MBと小さいので問題ないのですが、GB〜になってくるとパフォーマンスチューニングした方が良さそうだと思っています。

とりあえず今回はAthenaにテーブルを登録することがゴールだったので終わりにします!

注釈と付録

*1 以下のコードで簡単に作れます

# created_atが yyyy/mm/dd HH:MM:SSとする
df['year'] = df['created_at'].apply(lambda x : x.strftime('%Y-%m-%d')[0:4])
df['month'] = df['created_at'].apply(lambda x : x.strftime('%Y-%m-%d')[5:7])

*2 parquetなので相当早く実行できます。圧縮方式は特に指定していないので、デフォルトのsnappyになっていると思います。

*3 Hive形式 このあたりを読んでイメージを掴んでもらえればと

*4 Athenaのパーティションについて役に立った記事

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