Adobe Acrobat Pro (32bit) で SignedPDF を使ってマイナンバーカードでデジタル署名できない（登記・供託オンライン申請システム・電子証明書）

環境設定＞一般設定 から セキュリティ（拡張）で 起動時に保護モードを有効にする の チェックを外す必要がある。

SignedPDFを使用するためにはAdobe Acrobat Pro (32bit) ※有料 を使う必要がある。
Standard版 32Bit をインストールしても、勝手にProに切り替わる。
また、初回時には左上のハンバーガーメニューから「前バージョンに切り替える」旨のメニューを選択すると旧仕様のUIに切り替わる。
https://helpx.adobe.com/jp/acrobat/kb/acrobat-dc-downloads.html

SignedPDFの代わりに、JPKI PDF SIGNER を使用することもできるらしいが、私の環境では登記・供託オンライン申請システムに不正な署名として弾かれてしまった。
https://aoiro.app/jpki/

また、申請用総合ソフトでICカード署名を行う際にはカードを読み込ませる順序があるため要注意である。
私の環境では、「ICカード差し込み確認」のダイヤログ前にカードを抜き（離し）、ダイヤログが表示された時にカードを差す（置く）必要があった。
https://h.s64.jp/entry/how_to_signing_on_shinseiyosogosof_dot_exe/

印紙税節約のために 登記・供託オンライン申請システム を使用したが、Windows縛りや 近年稀に見る32Bit縛りによる領域展開で獄門疆の中に丸2日閉じ込められてしまった。

自身がエンジニアであるというプライドから精神と時間をすり減らしたうえ、結局はコールセンターのお姉様に助けていただいたので、レガシーソフトウェアはサポートを要求した方が良い。
https://www.touki-kyoutaku-online.moj.go.jp/faq_contact.html