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【化学情報学/ChemInformatics】ケモインフォマティクスとRDKitについて📝
まさぴょん🐱ケモインフォマティクスとRDKitについて📝
ケモインフォマティクスについて📝
日本化学会・ケモインフォマティクス部会
RDKitを使ったケモインフォマティクス入門について📝
まさぴょん🐱RDKitでの構造式描画をする📝
まさぴょん🐱RDKitで分子の記述子を作っていくで！
まさぴょん🐱MCPサーバーでRDKit、PubChemとGeminiを繋ぐ📝
化学ドメインの研究現場での課題 📝
研究の現場でこんな経験はないでしょうか？構造式を調べるために PubChem を開き、物性値を知るために RDKit を使い、反応予測のためには専用のソフトを立ち上げる。
ちょっとした疑問を解決するのに、あちこちのツールを行ったり来たりする毎日…。
しかも、それぞれのツールには独自の操作方法や難しい環境設定、社内の IT セキュリティによる制限など、さまざまな障壁があります。
引用元: チャットで始めるマテリアルズ・インフォマティクスー MCP サーバーで RDKit、PubChem と Gemini を繋ぐ
これまでの専門ツールの使いこなしイメージ図📝
引用元: チャットで始めるマテリアルズ・インフォマティクスー MCP サーバーで RDKit、PubChem と Gemini を繋ぐ
MCPサーバーを用いた汎用AIとの統合📝
引用元: チャットで始めるマテリアルズ・インフォマティクスー MCP サーバーで RDKit、PubChem と Gemini を繋ぐ
RDKit MCPサーバーの活用事例
試しに開発したRDKit MCPサーバーでは、ClaudeのようなAIアシスタントが以下の機能を日本語で提供できます。
RDKitを使って作成した通常のマテリアルズ・インフォマティクスの計算を、MCP用にラップするイメージです。
つまるところ、普段使いのスクリプトをほぼそのままMCPとして使えます。
引用元: チャットで始めるマテリアルズ・インフォマティクスー MCP サーバーで RDKit、PubChem と Gemini を繋ぐ
引用記事では、以下のような機能(Tool)を有したMCP Serverを構築している様子📝
- SMILES文字列の検証と標準化
- 物理化学的特性の計算（LogP、TPSA、分子量など）
- 分子構造の視覚化（2D分子画像生成）
- Lipinskiルールに基づく創薬適性評価
- PubChemデータベース検索との連携
参考・引用