Open1

snakemake8の設定

ManabuIshiiManabuIshii

まずは、テスト用のsnakemakeファイル

#snakemake -j 4 -s smktest.smk --profile sge --printshellcmds  --latency-wait 600
rule all:
    input:
        "date.txt",
        "hostname.txt"

rule get_date:
    output:
        "date.txt"
    shell:
        "date > {output}"

rule get_hostname:
    output:
        "hostname.txt"
    shell:
        "hostname > {output}"

実行コマンド

snakemake -j 4 -s smktest.smk --profile sge --printshellcmds --latency-wait 600