【初心者向け】公共データを用いたSingle Cell RNA-seq解析  ~Rで始めるSingle Cell RNA-seq解析~

【初心者向け】公共データを用いたSingle Cell RNA-seq解析 ~Rで始めるSingle Cell RNA-seq解析~

📰 概要 前作「公共データを用いたRNA-seq解析」を400冊以上売り上げた著者による公共RNA-seqデータ解析の第2弾! 公共データベース登録済みのSingle Cell RNA-seqデータを解析してみませんか? Single Cell RNA-seq(scRNA-seq)は、個々の細胞レベルでの遺伝子発現解析を可能にし、現代の生物学的研究に革新をもたらしています。しかし、そのデータ解析はプログラミングの専門知識や各種ライブラリの理解を必要とするため、初心者にとって大変難しい解析となっています。ただでさえ忙しいウェット解析の最中で、統一されていない情報源を元にscRNA-seq解析を学ぶのは困難を極めます。 本書ではR言語を元に、Seuratライブラリを用いた公共データベース登録済みscRNA-seqデータ解析のやり方を学ぶことができます。Rの実行環境準備から基礎的なR言語文法、ggplot2による可視化も取り扱っているため、Rおろか、プログラミングさえしたこと無い方でも学んでいくことが可能です。実際のscRNA-seqデータ解析項目では、具体的なデータを使用した解析例とRの詳細な解説を提供し、scRNA-seqデータ解析の実践的なスキルが習得できます。 また、実際に公共データベースから自身の研究に関係のあるscRNA-seqデータを探索し、実際の再解析方法を実戦形式で学ぶことができます。 本書を通じて、scRNA-seqデータ解析に必要なスキルを身につけて、自身の研究にscRNA-seq解析を取り入れて行きましょう。 👫 対象とする読者 ・Single Cell RNA-seqに興味があるが、何から始めれば良いかわからない人 ・Single Cell RNA-seqのデータ解析を外部の専門家に依頼している人 ・一般的なウェットラボの実験に忙しく、プログラミングや統計を学ぶ時間がない人 ・自身の研究に公共データを用いたSingle Cell RNA-seq解析を取り入れたいと考えている研究者 ・在野研究で論文を執筆したい社会人、または大学院での業績を増やしたい学生 【販売価格】 期間限定で ¥3600→¥1800 (50% OFF!!)で販売しております! 【お知らせ】 大好評につきリリースしてわずか10日で売上部数100冊を突破しました🎉 2023/08/27:売上部数200冊を突破しました🎉 2023/10/01:売上部数300冊を突破しました🎉 2023/05/19:売上部数500冊を突破しました🎉 📰直近のアップデート情報 2023/06/14:新章:Single Cell RNA-seqデータのクオリティコントロールのやり方を追加しました。 2023/08/27:第1章,第2章の改訂を行いました。 2023/09/01:新章:Cell Rangerを使ってscRNA-seqデータの遺伝子発現量をカウントする方法を追加しました。 2023/09/10:第7章の大幅加筆・改訂を行いました。 2023/09/21:第5章の大幅加筆・改訂を行いました。 2023/10/11:全体の構成の見直しを行いました。 2023/10/15:第3章の大幅加筆を行いました。 2024/01/28:本技術書専用のDockerimageを追加しました。 本技術書は随時アップデートされていきます。 一度購入された方はアップデートされたとしても追加料金は発生しませんのでご安心ください。

Chapters
Chapter 01無料公開

前書き

Chapter 02無料公開

本書の動作確認済み環境

Chapter 03無料公開

構成(目次)

Chapter 04無料公開

📘 第1章:Single Cell RNA-seq解析の環境構築

Chapter 05無料公開

📰 Single Cell RNA-seq解析を行う環境構築

Chapter 06無料公開

📰 RとRstudioのインストール

Chapter 07無料公開

📰 Dockerのインストール

Chapter 08無料公開

📰 Docker上でRstudio Serverを起動させる

Chapter 09無料公開

📰 RパッケージマネージャBioconductorについて

Chapter 10無料公開

📘 第2章:R言語基礎

Chapter 11無料公開

📰 R言語の基本的な文法

Chapter 12無料公開

📰 データフレームの扱い方

Chapter 13無料公開

📰 データの可視化ツールggplot2の使い方

Chapter 14無料公開

📘 第3章:Rでバイオインフォマティクス解析をやってみる(応用編)

Chapter 15無料公開

📰 PCA

Chapter 16無料公開

📰 clusterPlofilerを用いたエンリッチメント解析

Chapter 17無料公開

📰 DEseq2を用いたRNA-seq解析データのDEG抽出

Chapter 18無料公開

📰 Gene Ontology(GO)のBP,MF,CC毎にエンリッチメント解析

Chapter 19無料公開

📰 その他DB(KEGG, Reactome など)を用いてエンリッチメント解析

Chapter 20無料公開

📘 第4章:Single Cell RNA-seq解析の基礎を学ぶ

Chapter 21無料公開

📰 Single Cell RNA-seqの概要

Chapter 22

📰 Seuratによる解析準備

Chapter 23

📰 Seuratによるデータ前処理の手順

Chapter 24

📰 Seuratによるデータ解析の手順

Chapter 25無料公開

📘 第5章:いざ実践!公共データを用いたSingle Cell RNA-seq解析

Chapter 26

📰 Single Cell RNA-seqデータの探し方

Chapter 27

📰 クラスター毎に自動で細胞種ラベルを付与する

Chapter 28

📰 FeaturePlotで遺伝子発現を確認する

Chapter 29

📰 Single Cell RNA-seqデータセット同士を結合する

Chapter 30

📰 バッチエフェクトを補正して、コントロール群と刺激群を比較する

Chapter 31

📰 クラスターごとのマーカー遺伝子の特定

Chapter 32無料公開

📘 第6章:公共データベースからダウンロードしたscRNA-seqデータを処理する

Chapter 33

📰 Cell Rangerを使ってscRNA-seqデータの遺伝子発現量をカウントする方法

Chapter 34

📰 NCBIのSequence Read Archive (SRA) データをCell Rangerで処理する

Chapter 35無料公開

📘 第7章:Single Cell RNA-seqデータのクオリティコントロールのやり方

Chapter 36

📰 scRNA-seqデータにおけるQCについて

Chapter 37

📰 DoubletFinderによるダブレット検出

Chapter 38

📰 CellBenderによるバックグラウンドRNA除去

Chapter 39無料公開

後書き

Author
LabCode(ラボコード)
Topics
公開
本文更新
文章量
156,476
価格
1,800
「適格請求書発行事業者」登録済み