
エンジニアとWET研究者のためのコンピュータ創薬入門 ~コンピュータ創薬を体験して、新しい技術を習得しよう~
📰 概要 本書は、創薬の中でも特に面白く、奥深い新薬探索に焦点を当て、エンジニアおよび Wet 研究者向けに、コンピュータ創薬(In silico創薬)への入門を低価格で提供します。 新薬探索は創薬において最もエキサイティングな部分であり、本書では Wet 研究者向けには GUI 操作によるアプリケーション(PyRx)を用いた方法を、エンジニア向けには Python を用いた新薬探索(DOCKSTRING)の方法を紹介します。 それぞれの方法にはメリットとデメリットがあり、ご自身に合った方法から始め、最終的には両方のアプローチを理解することで、より深い洞察を得ることができます。 ※ 本書の内容は「自宅でできる in silico 創薬【新薬探索編】 ~初心者でもできる”おうち創薬”~」(https://zenn.dev/labcode/books/xvsw0lszpqir77) に含まれていますので、こちらを既にお持ちの方は本書をご購入いただく必要はありません。 ※ 「コンピュータ創薬」という用語は、一般的な言葉ではありません。本書では便宜的に使用しており、一般的にはインシリコ創薬(in silico 創薬)と呼ばれることが多いです。 👫 対象とする読者 🔬 創薬・ライフサイエンス分野の方 ・実験系(Wet)研究者で、コンピュータ創薬を学びたい方(パソコン操作やプログラミングが苦手な方も含む) ・創薬に関心があるが、実験設備がないため計算創薬を活用したい方(在宅や遠隔地での研究を希望する方) ・大学や企業の研究室で、計算創薬を導入したい研究者や技術者 💻 IT・データサイエンス分野の方 ・創薬に関心があるエンジニアやデータサイエンティスト(バイオ分野未経験でも可) ・プログラミングや機械学習のスキルを活かして、創薬に応用したい方 🎓 学生・教育関係者 ・中学・高校・大学生で、将来コンピュータ創薬に携わりたい方 ・学校や部活の題材として、コンピュータ創薬を取り入れたい生徒や教員 ・自由研究のテーマとして、お子様に創薬を学ばせたい親御様 🏢 社会人・その他 ・コンピュータ創薬をやるように言われたが、何をすればいいか分からない社会人(企業・研究所勤務など) ・医薬品業界に興味があり、in silico 創薬を基礎から学びたい方 ・他分野から創薬に転向したい方(バイオ未経験の物理・化学・数学・情報系出身者など) ✨ アップデート情報 ・ 2024/10/07 技術書初版がリリースされました。 ・ 2025/01/25 Windows での DOCKSTRING のやり方追記、表現の修正 ・ 2025/02/12 全体の表現の修正 ・ 2025/08/10 全体の微修正
前書き
目次
📘 第0章 創薬のプロセスと新薬探索
📘 第1章 Wet 研究者向け PyRx を使ったスクリーニングによる新薬探索
📰 In silico スクリーニングとは?
📰 In silico スクリーニングの流れ
📰 治療したい病気の標的タンパク質の決定
📰 タンパク質の準備
📰 低分子化合物ライブラリの準備
📰 In silico スクリーニング
📰 結合サイトの可視化
📘 第2章 エンジニア向け DOCKSTRING を使ったスクリーニングによる新薬探索
📰 DOCKSTRING とは?
📰 Anaconda による環境構築(Mac 向け)
📰 DOCKSTRING の使用環境の準備(Mac 向け)
📰 Linux の導入(Windows 向け)
📰 DOCKSTRING の使用環境の準備(Windows 向け)
📰 In silico スクリーニング
📰 結合サイトの可視化
後書き
使用ツール、ライセンス一覧

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