https://docs.aws.amazon.com/ja_jp/AWSCloudFormation/latest/UserGuide/aws-properties-as-launchconfig.html#cfn-as-launchconfig-userdata
https://docs.aws.amazon.com/ja_jp/AmazonECS/latest/developerguide/ecs-agent-config.html
https://docs.aws.amazon.com/ja_jp/AmazonECS/latest/developerguide/bootstrap_container_instance.html

概要

CloudFormationのAWS::AutoScaling::LaunchConfigurationのUserDataでDocker デーモンとAmazon ECSコンテナエージェントに起動するクラスター情報を渡すことができます。
EC2インスタンスに常駐しているコンテナエージェントは/etc/ecs/ecs.configに記載されている設定を読み取り、ECSに指示を行うことができます。
例えば、設定としてECS_CLUSTERを指定すると起動するクラスターを指定することができます。

#!/bin/bash
echo "ECS_CLUSTER=MyCluster" >> /etc/ecs/ecs.config