https://docs.aws.amazon.com/ja_jp/codedeploy/latest/userguide/integrations-aws-auto-scaling.html#integrations-aws-auto-scaling-behaviors-mixed-environment
https://docs.aws.amazon.com/ja_jp/codedeploy/latest/userguide/deployment-groups-configure-advanced-options.html#auto-updates-outdated-instances
https://qiita.com/toshihirock/items/b23f44dcd9f07f36bcfc#使いかた

概要

CodeDeployでのデプロイ中にAutoScalingによるスケールアップイベントが発生した場合、前回デプロイしたバージョンが新しいインスタンスに反映される可能性があります。
CodeDeployでのデフォルトの設定では、自動的に古いバージョンを最新にアップデートしてくれます。ただし、デプロイ設定がCodeDeployDefault.OneAtATimeの場合のみ有効です。

デフォルト設定を変更していたり、CodeDeployDefault.OneAtATime以外のデプロイ設定を使用していることも考えられるため、デプロイ中はAutoScalingのスケールアッププロセスを停止するほうがいいでしょう。
こちらのスクリプトでその制御が可能となります。