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M1 MacにRosetta2を介さずにFiji(ImageJ2)をインストール

2024/11/04に公開

M1 MacにRosetta2を介さずにFiji(ImageJ2)をインストールした。
Rosetta2でエミュレートしない分、処理が速い("native")かも知れない。
流れとして、

Java, cmakeをbrewでインストール。xcodeも必要なのでインストールする。

java homeを設定する。.zshrc, .zprofile に、
"export JAVA_HOME=$(/usr/libexec/java_home)"と記載。
source .zshrc, source .zprofileを実行。

下記サイトからFiji ("no JRE"版)をダウンロード:

https://imagej.net/software/fiji/downloads

下記サイトから"imagej-launcher"をclone:

https://github.com/imagej/imagej-launcher

“imagej-launcher” 内で
cmake .
make
を実行。

コンパイルした"ImageJ-macosx"というファイルを、先ほどダウンロードしたFiji.app内にコピーする。

Fiji.app内で、"./ImageJ-macosx"を実行。「開発元を検証できないため開けません」と出たら、次のサイトを参照し、 実行権限を与える。

https://sp7pc.com/apple/mac/5734

"lipo -info ImageJ-macosx"とコマンドラインで実行すれば、arm64として実行しているか、確認できる。

以上。実行できることは確認できた。
次はダメもとで、clij, clij2 (ImageJ/Fijiをgpuで処理)を試す。

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