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【完全自前構築】ZoteroのWebDAV同期サーバーをDocker+Tailscaleで作る

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Docker
iPad
Zotero
Tailscale
WebDAV
tech

TL;DR

Zoteroのクラウド同期は月額課金。でもWebDAVサーバーを自分で立てれば無料で同期可能！
Docker + Tailscaleで、MacBook上にWebDAVサーバーを構築し、iPadからもシームレスにアクセス。
さらに、iPad版Zoteroの自動メタデータ取得の弱点も、iCloud + a-shell + 自動化スクリプトで完全克服します！

はじめに：Zoteroとは？

前回の記事で詳しく紹介しましたが、Zoteroは無料のオープンソース文献管理ツールです。が、 単なる文献管理に留まらず、優秀なPDFリーダー＆メモアプリとしても活用できる万能ツールです。

「レポートの参考文献リストを作るのが面倒くさい...」
「実験レポートで引用した論文、どこに保存したっけ？」
「iPadアプリ買ったのに論文管理とノートがバラバラで不便...」

これらの悩みをすべて解決できるのがZoteroの魅力です。NotabilityやGoodnoteなど高額なアプリを購入する必要もありません。

Zoteroの主な特徴（おさらい）

  • 無料のオープンソース：完全無料で使用可能
  • 一元管理：論文、教科書、課題PDFをすべて一箇所で管理
  • 自動引用：参考文献リストをワンクリックで生成
  • Apple Pencil対応：iPadでの手書き注釈も可能
  • クロスプラットフォーム：Windows、Mac、Linux、iOS、Android全対応

結論

この記事で構築したシステムにより、以下が実現できます：

材料（すぐ準備しなくてもいいです）

  • 基本的なネットワークインフラ
  • ハードウェア
    • Mac(MacBook, Windows【未検証】, ラズパイ【未検証】, NAS【未検証】, ...)
    • iPad(iPhone, Androidスマートフォン【未検証】)
  • ソフトウェア
    • iPad sshクライアント（今回はa-shell）
    • Tailscale
    • Zotero
    • Docker
    • Zotadd

この記事で実現できること

✅ 完全無料のZotero同期環境

  • WebDAVサーバーを自前構築
  • 月額課金なしで実質容量制限なし
    • （ただし電気代かかるし無制限ではない）

✅ iPad + MacBookのシームレス連携

  • Tailscaleによるリモートアクセス
  • iCloud Driveでのファイル共有
    • (iCloudじゃなくても、ファイル同期できればなんでもヨシ！)

✅ iPad版Zoteroの制限を完全克服

  • 半自動メタデータ取得機能を実現
  • コマンドライン + SSH で遠隔操作

✅ 研究効率の大幅向上

  • 論文発見から管理まで完全自動化
  • Apple Pencilでの注釈も完璧に同期

投資対効果

  • 初期投資：Docker、Tailscale設定の数時間
  • 月額コスト：完全無料（Zotero Storage比較で年間最大14,400円節約）
  • 作業効率：論文管理にかかる時間が大幅短縮

応用可能性

この構成は他の用途にも応用できます：

  • 他の研究ツール：Obsidian、Logseqなどのノートアプリ
  • ファイル同期：Nextcloud、ownCloudなどのクラウドサービス
  • 開発環境：リモート開発サーバーとしても活用可能

課題：Zotero公式同期は有料

Zoteroの唯一の弱点は、公式のクラウド同期サービス（Zotero Storage）が有料であることです。

Zotero Storage料金プラン

  • 無料プラン：300MBまで（すぐに上限に達してしまう）
  • 有料プラン：月額2〜12ドル（年間2,400〜14,400円）

論文PDFを大量に扱う研究者や学生にとって、300MBはあっという間に埋まってしまいます。かといって月額課金は避けたい...

が、幸いにもwebDAVによる同期がサポートされています。
そう、WebDAVの出番です！

解決策：WebDAVで自前同期サーバー構築

WebDAVサーバーを自分で構築すれば、完全無料でZoteroの同期が可能になります。

LLM時代あるある、なんでも自分で構築しようとする(なんとなくできてしまう)

WebDAV

WebDAV（Web-based Distributed Authoring and Versioning）は、HTTPプロトコルを拡張したファイル共有の仕組みです。
簡単に言うと、ウェブサーバー上のフォルダに、まるでローカルフォルダのようにファイルを保存・編集・削除できる技術です。通常のウェブサイトは「見る」だけですが、WebDAVでは「書き込む」こともできます。

普通のHTTP: ウェブページを「見る」だけ
WebDAV: ウェブサーバーに「ファイルを保存・編集」できる

多くのアプリケーション（Zotero、Obsidian、Nextcloudなど）がWebDAVに対応しており、自分でサーバーを立てれば無料でクラウドストレージのような機能を実現できるため、研究者や開発者に人気があります。

WebDAVのメリット

  • 完全無料：自分のサーバーなので課金一切なし（電気代だけ）
  • 容量無制限：ストレージ容量は自分次第
  • プライバシー：データは完全に自分の管理下
  • 高速同期：ローカルネットワークでは特に高速

今回の構成

MacBook（ホストマシン）
├── Zotero公式アプリ
├── Docker（WebDAVサーバー）
├── Tailscale（リモートアクセス）
└── 自動化スクリプト

iPad
├── Zotero公式アプリ
├── a-shell（SSH接続用）
└── iCloud Drive（PDF共有用）

今回の概要図

WebDAVサーバー構築手順

前提条件

  • Docker Desktop for Mac がインストール済み
  • Tailscale アカウント作成済み
  • 基本的なターミナル操作の知識

Step 1: プロジェクトディレクトリ作成

mkdir -p ~/zotero-webdav/{nginx,data,scripts}
cd ~/zotero-webdav

Step 2: 環境変数ファイル作成

そのままプロジェクトルート( ~/zotero-webdav)でターミナルで実行

cat > .env << EOF
WEBDAV_USERNAME="username"
WEBDAV_PASSWORD="password"
HOST_PORT=1111
EOF

Step 3: Dockerfile作成

プロジェクトルート( ~/zotero-webdav)にファイル追加

dockerfile
FROM alpine:latest

# nginxとWebDAVモジュールインストール
RUN apk --no-cache add nginx nginx-mod-http-dav-ext apache2-utils

# WebDAV保存ディレクトリ作成
RUN mkdir -p /var/lib/zotero/storage

# 環境変数からユーザー名とパスワードを受け取る
ARG WEBDAV_USERNAME
ARG WEBDAV_PASSWORD

# WebDAVユーザーとパスワード設定
RUN htpasswd -cb /etc/nginx/.htpasswd ${WEBDAV_USERNAME} ${WEBDAV_PASSWORD}

# Nginx設定ファイルをコピー
COPY nginx/default.conf /etc/nginx/http.d/default.conf

# パーミッション設定
RUN chown -R nginx:nginx /var/lib/zotero

# WebDAVポート公開
EXPOSE 80

# Nginx起動
CMD ["nginx", "-g", "daemon off;"]

Step 4: Nginx設定ファイル作成

そのままプロジェクトルート( ~/zotero-webdav)でターミナルで実行

nginx/default.conf
mkdir -p nginx
cat > nginx/default.conf << 'EOF'
server {
    listen 80;
    server_name localhost;

    location /zotero {
        root /var/lib;
        
        # WebDAV設定
        dav_methods PUT DELETE MKCOL COPY MOVE;
        dav_ext_methods PROPFIND PROPPATCH LOCK UNLOCK;
        dav_access user:rw group:r all:r;
        
        # 認証設定
        auth_basic "Zotero WebDAV";
        auth_basic_user_file /etc/nginx/.htpasswd;
        
        # ファイルサイズ制限
        client_max_body_size 500M;
        
        # 自動インデックス
        autoindex on;
        autoindex_exact_size off;
        autoindex_localtime on;
        
        # ヘッダー設定
        add_header Cache-Control "no-cache, must-revalidate";
    }
}
EOF

Step 5: Docker Compose設定

プロジェクトルート( ~/zotero-webdav)にdocker-compose.yamlファイルを追加

services:
  zotero-webdav:
    build:
      context: .
      args:
        WEBDAV_USERNAME: ${WEBDAV_USERNAME}
        WEBDAV_PASSWORD: ${WEBDAV_PASSWORD}
    container_name: zotero-webdav
    restart: unless-stopped
    ports:
      - "${HOST_PORT}:80"
    volumes:
      - ./data:/var/lib/zotero
    env_file:
      - .env

volumes:
  zotero-data:

Step 6: 自動起動スクリプト作成

いちいちdockerコマンドを打つのがめんどいので、私はよく起動スクリプトを書きます。

起動スクリプト（scripts/start.sh）:
そのままプロジェクトルート( ~/zotero-webdav)でターミナルで実行

start.sh
#!/bin/bash

# Dockerディレクトリに移動
cd "$HOME/zotero-webdav"

# コンテナ起動確認
if docker ps | grep -q "zotero-webdav"; then
	echo "Zotero WebDAVコンテナは既に起動中です。"
else
	# コンテナ起動
	docker-compose up -d
	echo "Zotero WebDAVコンテナを起動しました。"

	# TailscaleのIP取得
	TAILSCALE_IP=$(tailscale ip -4 2>/dev/null || echo "Not available")

	echo "WebDAV URL: http://localhost:1111/zotero"
	if [ "$TAILSCALE_IP" != "Not available" ]; then
		echo "Tailscale URL: http://$TAILSCALE_IP:1111/zotero"
	fi
fi

Step 7: 実行権限付与

start.shに実行権限付与：

chmod +x start.sh

これでこのスクリプトでは以下が自動実行されます：

  • Docker コンテナのビルドと起動
  • Tailscale IP の表示

Step Ex: MacBook 使用者向け

MacBookをサーバーみたいに使える設定をしておいて下さい。
ちらっと列挙しておくと、

  • batteryアプリによる充電80%維持（クラムシェルモードだと少し難あった）
  • クラムシェルモード運用
  • スリープさせない設定

などなどです。調べれば出てくると思いますが、暇だったら後で記事を追加したいと思います。

Zotero + WebDAV設定方法

Mac版 Zotero

  1. Zotero > 環境設定 > 同期
  2. 「ファイルの同期」で「WebDAV」を選択
  3. 設定値を入力：
    • URL: http://localhost:1111/zotero
    • ユーザー名: username
    • パスワード: password
  4. 「サーバーの確認」をクリック
  5. 成功メッセージを確認して「OK」

iPad版 Zotero

  1. tailscaleアプリかホームページでIPかmagic DNSを調べておく
  2. Zotero アプリ > Settings > Sync
  3. 一旦data syncにログイン（アカウント作成必要あり）
  4. 「File Syncing」で「WebDAV」を選択
  5. 設定値を入力：
    • URL: http://[TAILSCALE_IP]:1111/zotero
    • Username: username
    • Password: password
  6. 「Verify Server」をタップ
  7. 成功メッセージを確認

iPad版Zoteroの課題と解決策

iPad版Zoteroには重要な制限があります。

それは自動メタデータ取得機能がないことです。

課題

  • PDFファイルをiPadで直接Zoteroに追加しても、論文のタイトルや著者情報が自動取得されない
  • Macを開いて手動でメタデータを入力するのは非効率
  • 出先でMacがなかったら文献追加やり直し
  • せっかく作った便利な同期機能が腐る

解決策：iCloud + SSH + 自動化スクリプト

この課題を以下のワークフローで解決します：

  1. iPadで論文などPDF収集
  2. iCloudでMacとPDF同期
  3. iPadからMacBookへSSH接続
  4. 文献追加スクリプトをリモート実行
  5. WebDAVを通じてiPadに文献が追加されるのを待つ

Mac側での準備：自動化システムの構築

Step 1: iCloud Drive フォルダ準備

iCloudで書類同期をオンにするか、同期用フォルダを作って下さい(その際はパスに注意)。

mkdir -p ~/Documents/zotero-contents/{new,moved}
  • new/: iPadから追加される新しいPDFファイル
  • moved/: 処理済みのPDFファイル

Step 2: zotadd インストール

zotaddは、コマンドラインからZoteroにファイルを追加できるツールです。

# Homebrewでインストール
brew install zotadd

# または直接ダウンロード
curl -L https://github.com/sdx23/zotadd/releases/latest/download/zotadd-macos -o /usr/local/bin/zotadd
chmod +x /usr/local/bin/zotadd

Step 3: 自動処理スクリプト作成

/PathTo/を自分のPCものに置き換えて下さい。

zotero_process.sh:

~/zotero-contents/にファイル追加

zotero_process.sh
#!/bin/bash
# Zotero PDF処理スクリプト (zotadd使用版) - 改良版

# 設定
SOURCE_DIR="/PathTo/Documents/zotero-contents/new"
DEST_DIR="/PathTo/Documents/zotero-contents/moved"
WAIT_TIME=15  # メタデータ処理を待機する秒数
FILE_WAIT_TIME=3  # ファイル間の追加待機時間

# zotaddコマンドのパス
ZOTADD_CMD="/usr/local/bin/zotadd"

# ログファイル
LOG_FILE="zotero_processing.log"

# ディレクトリの作成
mkdir -p "$DEST_DIR"

# メッセージをログに記録する関数
log() {
    echo "$(date '+%Y-%m-%d %H:%M:%S') - $1" | tee -a "$LOG_FILE"
}

# スクリプトの開始
log "Zotero PDF処理スクリプト（zotadd使用版）- 改良版を開始します"

# zotaddコマンドが利用可能か確認
if ! command -v "$ZOTADD_CMD" &> /dev/null; then
    log "エラー: zotaddコマンドが見つかりません。パスが正しいか確認してください: $ZOTADD_CMD"
    exit 1
fi

# Zoteroが実行中か確認
if ! pgrep -x "Zotero" > /dev/null; then
    log "警告: Zoteroが実行中ではないようです。"
    read -p "続行しますか？ (y/n): " -n 1 -r
    echo
    if [[ ! $REPLY =~ ^[Yy]$ ]]; then
        log "ユーザーによってスクリプトが中断されました。"
        exit 1
    fi
fi

# コマンドでzoteroを起動する
open -a 'Zotero.app'

# ソースディレクトリ内のPDFファイルを検索
pdf_files=$(find "$SOURCE_DIR" -name "*.pdf" -type f)
pdf_count=$(echo "$pdf_files" | grep -c '^' || echo "0")

if [ "$pdf_count" -eq 0 ]; then
    log "PDFファイルが見つかりません: $SOURCE_DIR"
    exit 0
fi

log "$pdf_count 個のPDFファイルを処理します。"

# 成功・失敗カウンタ
success_count=0
failed_count=0

# 各PDFファイルを一つずつ処理
echo "$pdf_files" | while read -r pdf_file; do
    if [ -z "$pdf_file" ]; then
        continue
    fi
    
    file_name=$(basename "$pdf_file")
    log "============================================="
    log "処理中 ($((success_count + failed_count + 1))/$pdf_count): $file_name"
    
    # ファイルが存在し、読み取り可能か確認
    if [ ! -f "$pdf_file" ] || [ ! -r "$pdf_file" ]; then
        log "エラー: ファイルが存在しないか読み取れません: $pdf_file"
        failed_count=$((failed_count + 1))
        continue
    fi
    
    # ファイルサイズを確認
    file_size=$(du -k "$pdf_file" | cut -f1)
    log "ファイルサイズ: ${file_size}KB"
    
    # zotaddを使ってPDFをZoteroに追加
    log "zotaddを使用してZoteroにPDFを追加: $pdf_file"
    
    # タイムアウト付きでzotaddを実行（30秒でタイムアウト）
    if timeout 30s "$ZOTADD_CMD" "$pdf_file"; then
        log "Zotero追加成功"
        
        # Zoteroがメタデータを処理するのを待機
        log "${WAIT_TIME}秒間待機中..."
        sleep $WAIT_TIME
        
        # PDFを移動先ディレクトリへ移動
        log "ファイルを移動: $DEST_DIR/$file_name"
        if mv "$pdf_file" "$DEST_DIR/$file_name"; then
            log "移動成功: $file_name"
            success_count=$((success_count + 1))
        else
            log "エラー: ファイルの移動に失敗しました: $file_name"
            failed_count=$((failed_count + 1))
        fi
    else
        log "エラー: Zoteroへの追加に失敗しました: $file_name"
        failed_count=$((failed_count + 1))
    fi
    
    # ファイル間で追加の待機時間を設ける
    log "次のファイル処理まで ${FILE_WAIT_TIME}秒間待機中..."
    sleep $FILE_WAIT_TIME
done

# 処理結果を表示
log "============================================="
log "処理完了: 成功=${success_count}個, 失敗=${failed_count}個, 合計=${pdf_count}個"
log "WebDAVと同期するには、Zoteroアプリケーションで同期操作を実行してください。"

exit 0

Step 4: スクリプトに実行権限付与

chmod +x zotero_process.sh

iPad での準備

必要なアプリ

  1. a-shell (App Store): SSH接続用ターミナルアプリ
  2. Zotero (App Store): 公式Zoteroアプリ

ワークフロー手順

1. iPadで論文を発見

  • Safari、Google Scholar、ArXivなどで論文を見つける
  • PDFをダウンロード

2. iCloud Driveに保存

  • ダウンロードしたPDFをiCloud Drive/Documents/zotero-contents/new/に保存
  • ファイル名は適当でOK（例：paper_about_AI.pdf）

3. a-shellでSSH接続

a-shellアプリを開いて、MacBookにSSH接続：

# Tailscale IPでSSH接続
ssh username@[TAILSCALE_IP]

# またはローカルIPで接続
ssh username@192.168.1.xxx
a-shellでのssh

a-shellのホームディレクトリに、.ssh/configを作成することができるのでおすすめ

4. 自動処理スクリプト実行

cd ~/Documents/zotero-contents
./zotero_process.sh

スクリプトが以下を自動実行：

  1. new/フォルダ内のPDFファイルを検出
  2. zotaddでZoteroの未整理アイテムに追加
  3. Zoteroがメタデータを自動取得（DOI、タイトル、著者など）
  4. 処理済みファイルをmoved/フォルダに移動

5. Zoteroで同期

  • MacのZoteroで同期が完了
  • iPadのZoteroアプリでも同期
  • メタデータ付きの論文がiPadでも利用可能に！

ワークフロー例

【iPad側】
1. Google Scholarで論文発見
2. PDFダウンロード → iCloud Drive/Documents/zotero-contents/new/

【a-shell】
3. ssh username@[TAILSCALE_IP]
4. cd ~/Documents/zotero-contents && ./zotero_process.sh

【結果】
5. 数分後（大抵1分以内に同期される）、iPadのZoteroアプリに完全な論文情報が追加される
   - タイトル、著者、DOI、アブストラクト
   - Apple Pencilでの注釈も可能
   - 引用情報も完璧

運用のコツとトラブルシューティング

運用のコツ

  1. 定期的な同期：iPad作業後は必ずZoteroで同期
  2. ログの確認：処理に失敗した場合はログファイルを確認
  3. ファイル名の工夫：分かりやすいファイル名を付ける
  4. バックアップ：重要な論文は複数箇所に保存

よくある問題と解決策

WebDAV接続エラー

# コンテナが起動しているか確認
docker ps | grep zotero-webdav

# ログを確認
docker logs zotero-webdav

# 再起動
cd ~/zotero-webdav && docker-compose restart

zotadd実行エラー

# Zoteroが起動しているか確認
pgrep -x "Zotero"

# zotaddのパスを確認
which zotadd

# 権限を確認
ls -la /usr/local/bin/zotadd

Tailscale接続問題

# Tailscaleの状態確認
tailscale status

# IP再取得
tailscale ip -4

さいごに

お疲れさまでした！この記事を通じて、完全無料のZotero同期環境とiPad版Zoteroの制限を克服するワークフローを構築できたのではないでしょうか。

最初は設定が複雑に感じるかもしれませんが、一度構築してしまえば、研究生活が劇的に変わることを実感していただけるはずです。特に、iPadでの論文読み＋Apple Pencil注釈＋自動メタデータ取得の組み合わせは、まさに理想の研究環境と言えるでしょう。

この環境で、レポート作成、論文執筆、試験勉強がどれだけ楽になるか、ぜひ体験してみてください。研究生活がもっと楽しく、もっと効率的になることを心から願っています！

参考リンク

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