Stripeの決済手数料が10月1日（インボイス制度の影響？）で変更されているみたいです。
公式ではあまりちゃんと書いていないので、実際にサポートに問い合わせてみました。

一部の決済で消費税が上乗せされている

新しく、税という項目がありますね。
計算すると3.6%の10%なので、決済手数料の消費税だと予想できます。

カード会社によって変わるらしい

従来どおり非課税（3.6%のまま）のカード会社は以下の２つ

• Visa
• Mastercard

逆にこれ以外は、決済手数料が実質3.9666%になるということです。
実際にVisaでの支払いは以下のように10月以降も消費税の上乗せはないみたいです。

免税事業者・納税事業者に関わらず3.9666%になる？

そうみたいです。

3.6%に戻す方法はある？

これはないみたいです...。

ちょっとややこしいですね。