16TBのストレージをLinux PCで使えるようにする
ゲノム解析などをやっているとストレージ問題が往々にして発生します。
メインのストレージは、解析ツールがデータの読み書きを高速に実施できるように、速度の早いNVMe M.2 SSDにしつつ、シーケンスのRawデータやデータベースファイルなどをHDDに保存しておくのが良いでしょう。
私のPCのストレージは以下になります。※以降、アフィリエイトリンクなどはありません。
| 種類 | サイズ | 備考 |
|---|---|---|
| NVMe M.2 SSD | 4TB | Crucial P3plus |
| NVMe M.2 SSD * | 2TB | Crucial P5plus |
| NVMe M.2 SSD | 1TB | Crucial P3 |
| HDD | 2TB | Western Digital 3.5インチ |
| HDD | 1TB | Western Digital 3.5インチ |
| HDD | 8TB | Western Digital 3.5インチ |
| NVMe M.2 SSD | 4TB | Hanye |
※アスタリスクがついているものはOSがインストールされているストレージ
ここに、16TBのHDDを追加するというのが今回の内容になります。
ちなみに、2024/3/30にHanyeのNVMe M.2 SSDを同じ方法で追加したので、HDDだけでなくSSDも同様な手順でマウントすることができます。
増設するHDDのデバイス名を確認
マザーボード上のSATAポートにHDDを接続します。SATAのコードは付属していないので、複数台指す場合は購入する必要があると思います。
fdiskコマンドで、デバイスが認識されているか確認
sudo fdisk -l #管理者権限で実行する必要がある
ズラーッと実行結果が表示される中に、対象のHDDを見つけました(/dev/sdb)。sda sdb sdcなどあるが、aが一番目に見つかったHDD、bが2番目といった感じ。
Disk /dev/sdb: 14.55 TiB, 16000900661248 bytes, 31251759104 sectors
Disk model: TOSHIBA MN08ACA1
Units: sectors of 1 * 512 = 512 bytes
Sector size (logical/physical): 512 bytes / 4096 bytes
I/O size (minimum/optimal): 4096 bytes / 4096 bytes
認識はされているようですが、まだこちらには表示されていません。
増設した場合は、自動認識されないのでmountする必要があります。
2TBの壁
大容量HDDの注意点として2TB以上のHDDを使用する際には、2TBの壁と呼ばれる制約がある。そのため、GPT形式でhdd領域を管理できるgdiskコマンドにて管理する。
詳しくは下記を参考。
gdisk
増設ディスクのパーティション ( /dev/sdb ) を指定して gdisk コマンドを実行。
sudo gdisk /dev/sdb
対話方式で進めて行きます。
GPT fdisk (gdisk) version 1.0.8
Partition table scan:
MBR: not present
BSD: not present
APM: not present
GPT: not present
Creating new GPT entries in memory.
Command (? for help): d
No partitions
Command (? for help): o
This option deletes all partitions and creates a new protective MBR.
Proceed? (Y/N): y
Command (? for help): n
Partition number (1-128, default 1):
First sector (34-31251759070, default = 2048) or {+-}size{KMGTP}:
Last sector (2048-31251759070, default = 31251759070) or {+-}size{KMGTP}:
Current type is 8300 (Linux filesystem)
Hex code or GUID (L to show codes, Enter = 8300):
Changed type of partition to 'Linux filesystem'
Command (? for help): p
Disk /dev/sdb: 31251759104 sectors, 14.6 TiB
Model: TOSHIBA MN08ACA1
Sector size (logical/physical): 512/4096 bytes
Disk identifier (GUID): EA663F39-6BF3-446C-A49F-42F5CB127314
Partition table holds up to 128 entries
Main partition table begins at sector 2 and ends at sector 33
First usable sector is 34, last usable sector is 31251759070
Partitions will be aligned on 2048-sector boundaries
Total free space is 2014 sectors (1007.0 KiB)
Number Start (sector) End (sector) Size Code Name
1 2048 31251759070 14.6 TiB 8300 Linux filesystem
Command (? for help): w
Final checks complete. About to write GPT data. THIS WILL OVERWRITE EXISTING
PARTITIONS!!
Do you want to proceed? (Y/N): Y
OK; writing new GUID partition table (GPT) to /dev/sdb.
The operation has completed successfully.
パーティションをフォーマットし、HDDをマウントする
/dev/sdb1をフォーマットする。
sudo mkfs -t ext4 /dev/sdb1
mke2fs 1.46.5 (30-Dec-2021)
Creating filesystem with 3906469627 4k blocks and 488308736 inodes
Filesystem UUID: 28b4110d-5dfa-48f4-8d42-a157f154d1cb
Superblock backups stored on blocks:
32768, 98304, 163840, 229376, 294912, 819200, 884736, 1605632, 2654208,
4096000, 7962624, 11239424, 20480000, 23887872, 71663616, 78675968,
102400000, 214990848, 512000000, 550731776, 644972544, 1934917632,
2560000000, 3855122432
Allocating group tables: done
Writing inode tables: done
Creating journal (262144 blocks): done
Writing superblocks and filesystem accounting information: done
これでHDDが使用可能な状態に。合計で約30TBのストレージを利用できるようになりました。
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