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16TBのストレージをLinux PCで使えるようにする

2023/12/23に公開

ゲノム解析などをやっているとストレージ問題が往々にして発生します。

メインのストレージは、解析ツールがデータの読み書きを高速に実施できるように、速度の早いNVMe M.2 SSDにしつつ、シーケンスのRawデータやデータベースファイルなどをHDDに保存しておくのが良いでしょう。

私のPCのストレージは以下になります。※以降、アフィリエイトリンクなどはありません。

種類 サイズ 備考
NVMe M.2 SSD 4TB Crucial P3plus
NVMe M.2 SSD * 2TB Crucial P5plus
NVMe M.2 SSD 1TB Crucial P3
HDD 2TB Western Digital 3.5インチ
HDD 1TB Western Digital 3.5インチ
HDD 8TB Western Digital 3.5インチ
NVMe M.2 SSD 4TB Hanye

※アスタリスクがついているものはOSがインストールされているストレージ

ここに、16TBのHDDを追加するというのが今回の内容になります。

ちなみに、2024/3/30にHanyeのNVMe M.2 SSDを同じ方法で追加したので、HDDだけでなくSSDも同様な手順でマウントすることができます。

増設するHDDのデバイス名を確認

マザーボード上のSATAポートにHDDを接続します。SATAのコードは付属していないので、複数台指す場合は購入する必要があると思います。

fdiskコマンドで、デバイスが認識されているか確認

sudo fdisk -l #管理者権限で実行する必要がある

ズラーッと実行結果が表示される中に、対象のHDDを見つけました(/dev/sdb)。sda sdb sdcなどあるが、aが一番目に見つかったHDD、bが2番目といった感じ。

Disk /dev/sdb: 14.55 TiB, 16000900661248 bytes, 31251759104 sectors
Disk model: TOSHIBA MN08ACA1
Units: sectors of 1 * 512 = 512 bytes
Sector size (logical/physical): 512 bytes / 4096 bytes
I/O size (minimum/optimal): 4096 bytes / 4096 bytes

認識はされているようですが、まだこちらには表示されていません。

増設した場合は、自動認識されないのでmountする必要があります。

2TBの壁

大容量HDDの注意点として2TB以上のHDDを使用する際には、2TBの壁と呼ばれる制約がある。そのため、GPT形式でhdd領域を管理できるgdiskコマンドにて管理する。

詳しくは下記を参考。

gdisk

増設ディスクのパーティション ( /dev/sdb ) を指定して gdisk コマンドを実行。

sudo gdisk /dev/sdb

対話方式で進めて行きます。

GPT fdisk (gdisk) version 1.0.8

Partition table scan:
  MBR: not present
  BSD: not present
  APM: not present
  GPT: not present

Creating new GPT entries in memory.

Command (? for help): d
No partitions

Command (? for help): o
This option deletes all partitions and creates a new protective MBR.
Proceed? (Y/N): y

Command (? for help): n
Partition number (1-128, default 1): 
First sector (34-31251759070, default = 2048) or {+-}size{KMGTP}: 
Last sector (2048-31251759070, default = 31251759070) or {+-}size{KMGTP}: 
Current type is 8300 (Linux filesystem)
Hex code or GUID (L to show codes, Enter = 8300): 
Changed type of partition to 'Linux filesystem'

Command (? for help): p
Disk /dev/sdb: 31251759104 sectors, 14.6 TiB
Model: TOSHIBA MN08ACA1
Sector size (logical/physical): 512/4096 bytes
Disk identifier (GUID): EA663F39-6BF3-446C-A49F-42F5CB127314
Partition table holds up to 128 entries
Main partition table begins at sector 2 and ends at sector 33
First usable sector is 34, last usable sector is 31251759070
Partitions will be aligned on 2048-sector boundaries
Total free space is 2014 sectors (1007.0 KiB)

Number  Start (sector)    End (sector)  Size       Code  Name
   1            2048     31251759070   14.6 TiB    8300  Linux filesystem

Command (? for help): w

Final checks complete. About to write GPT data. THIS WILL OVERWRITE EXISTING
PARTITIONS!!

Do you want to proceed? (Y/N): Y
OK; writing new GUID partition table (GPT) to /dev/sdb.
The operation has completed successfully.

パーティションをフォーマットし、HDDをマウントする

/dev/sdb1をフォーマットする。

sudo mkfs -t ext4 /dev/sdb1 
mke2fs 1.46.5 (30-Dec-2021)
Creating filesystem with 3906469627 4k blocks and 488308736 inodes
Filesystem UUID: 28b4110d-5dfa-48f4-8d42-a157f154d1cb
Superblock backups stored on blocks: 
	32768, 98304, 163840, 229376, 294912, 819200, 884736, 1605632, 2654208, 
	4096000, 7962624, 11239424, 20480000, 23887872, 71663616, 78675968, 
	102400000, 214990848, 512000000, 550731776, 644972544, 1934917632, 
	2560000000, 3855122432

Allocating group tables: done                            
Writing inode tables: done                            
Creating journal (262144 blocks): done
Writing superblocks and filesystem accounting information: done 

これでHDDが使用可能な状態に。合計で約30TBのストレージを利用できるようになりました。

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