シングルセル解析の関連リンク

シングルセル解析 (scRNA-seq) 関連のリンク集です。

メーカー

• 10x Genomics: セルソーターの Chromium を使ったシングルセル解析を提供。解析パイプライン Cell Ranger、ビューワーの Loupe Browser も提供。
• nanoString
• Honeycomb

プログラム

• Cell Ranger: 10x Genomics の解析用パイプライン。fastq からのカウント、クラスタリング、変動遺伝子の比較。
• Loupe Browser: scRNA-seq データのビューワー。独自の loupe 形式のファイルが必要。LoupeR を用いて、Seurat オブジェクトから変換可能。

R

• Seurat: 代表的なシングルセル解析のプログラム。UMAPクラスタリング、バイオリンプロット、散布図、ヒートマップ、インテグレーション、マルチモダル。
• Azimuth: scRNA-seq のデータベースおよび、細胞種のアノテーション。
• Signac : scATAC-seq
• scRepertoire: レパトア解析
• monocle: UMAPクラスタリング、Pseudotime (trajectory) 解析。

Python

• Scanpy: Python でシングルセル解析を行う代表的なプログラム。UMAP クラスタリング、プロット、Trajectory, Spatial など。
• anndata: データにアノテーションを含めるファイルフォーマット。
• velocyto: bam ファイルから velocity を推定するライブラリ。R版もある。
• scVelo: Velocity 解析用のライブラリ。