fMRIデータセットのBIDSへの変換
cotora脳画像データセットをBIDSに変換する方法について調査する
cotoraBIDSは脳画像データセットのデータ構造を定義したもの。
BIDSに変換することで、BIDSに最適化されたソフトウェアを用いて脳画像解析の処理を自動化することができる。
cotoraBIDSのメリット
- 他の利用者が簡単にデータセットを理解することができる
- BIDSに最適化されたソフトウェアを用いることができる
- OpenNeuro.org等のデータベースを用いることで、BIDSに従って整理されたデータセットの受け入れおよびエクスポートが可能
- データセットの整合性を確認し、欠損値を簡単に見つけることができる検証ツールもオンラインで利用可能
It will be easy for another researcher to work on your data. To understand the organization of the files and their format you will only need to refer them to this document. This is especially important if you are running your own lab and anticipate more than one person working on the same data over time. By using BIDS you will save time trying to understand and reuse data acquired by a graduate student or postdoc that has already left the lab.
There is a growing number of data analysis software packages that can understand data organized according to BIDS.
Databases such as OpenNeuro.org, LORIS, COINS, XNAT, SciTran, and others will accept and export datasets organized according to BIDS. If you ever plan to share your data publicly (nowadays some journals require this) you can speed up the curation process by using BIDS.
There are validation tools (also available online) that can check your dataset integrity and let you easily spot missing values.
cotoraBIDSへのConverterが下記ページにまとめられている
cotoranifti形式でMRIとfMRIが含まれたデータセットをBIDSに変換したいので、MRI and PET convertersの中で対応している入力ファイルにniftiが含まれるものについて調査を行う
cotoraData2Bidsを試してみる