pythonで3D画像の最大輝度投影 (Max Intensity Projection)を行う

グレースケール画像を想定しています．
RGB(カラー)画像の場合は，先にグレースケールに変換するなどしてください．

手順

• 画像読み込み
• z方向に足し合わせ
• 書き出し

コード

3D画像(tiff形式など)の読み込みはskimageが便利です．pipで簡単にインストールできます．
書き出しも簡単です．

test.py

from skimage import io
import numpy as np

image = io.imread("test.tif") #画像読み込み
image = np.max(image, axis=0)# Max Projection
io.imsave("Max Projection.tif", image)# 画像書き出し

z方向への足し合わせはnumpyを使って行っています．
axisで最大輝度を取得する方向を指定しています．z=0, y=1, x=2なので今回はaxis=0としています．