Keystore file '~/release.jks' not found for signing config 'release'.

原因

storeFile パスの後に余分な半角スペースがあったこと

storePassword=password
keyPassword=password
keyAlias=alias
storeFile=../release.keystore 

こうなっていた↓
storeFile=../release.jks　

解決

storeFile パスの後の余分なスペースを除けば普通に成功した。