HEADER_SEARCH_PATHS の設定によって、#import <> で CocoaPods のヘッダーファイルを指定できるようになっています。また、OTHER_CFLAGS に指定されている -isystem オプションは、GCC でインクルードパスの先頭につける文字列を指定するものだそうです。

このような設定によって、アプリのプロジェクトから CocoaPods ライブラリを手軽に使えるようになっています。