グリッドのサイズはキーキャップのサイズに合わせておくと便利です。
CherryMX互換スイッチ用のキーキャップは7.5 inchの19.05 mmです。
そこでグリッドに19.05/8を設定することでスイッチ穴を綺麗に並べるのが楽になります。
ちなみにKailh Choc v1スイッチ用のキーキャップは横18 mm、縦17 mmで並べることでキーキャップ間の隙間がなくなります。（俗に言う狭ピッチと呼ばれる状態）
もちろん、Kailh Choc v1スイッチを用いていてもCherryMX互換用のピッチで並べることはできます。
例：7sKB

• フットプリントを選択して Ctrl + D
  フットプリントをコピーする。

• フットプリントを選択して Ctrl + M
  数値を入力してフットプリントを移動する。
  

• フットプリントを選択してE
  フットプリントのプロパティを開く。
  
  フットプリントの座標を取得する、フットプリントを変更するのに使います。

• フットプリントを選択してR
  フットプリントを90度回転する。

• テンプレートの範囲外の何もないところにスイッチ穴を綺麗に並べる
  
• マウスでまとめて選択してCtrl + M
  傾けたい角度を入力する
  
• 揃ったままスイッチ穴が傾くので、まとめて選択して戻す
  

テンプレートファイルの灰色の線の範囲がスイッチ穴を配置できる範囲です。
各スイッチ穴には灰色の線があり、それがキーキャップのサイズとなる19.05mm角ですので、テンプレートからはみ出ないようにしましょう。

• OKな例
  
• NGな例
  

2u^[1]以下のサイズのキーの場合、スイッチ用の穴は変わらないので大丈夫ですが、キー同士が干渉せず並べられているか確認するためにキーのサイズに合わせたフットプリントに変更しておきましょう。

• サイズを変更するフットプリントを選択してEフットプリントのプロパティを開き、フットプリントを変更をクリックする。
  
• 新しいフットプリント識別子欄の右側の本棚のマークをクリックする。
  
• 画面左のライブラリ一覧からkbd_SW_Holeを選択し、変更したいサイズのキーのフットプリントをダブルクリックする。
  
• 変更をクリックし、フットプリントが更新されたら閉じるをクリックする。
  

長い2u^[1:1]以上のキーのスイッチ穴はスタビライザーが必要になるため、スタビライザー用の穴が追加されています。
最上段及び最下段に2u以上のキーを設定する場合、スタビライザーバーが基板の内側に向くように設定しておく方が無難です。
スタビライザーバーは長穴がオフセットされた側に通ります。

• OKな例（上にスタビライザーバーが通る）
  
• NGな例（下にスタビライザーバーが通る）
  

ロータリーエンコーダ^[2]を設置する場合、スイッチプレートには通常のスイッチ穴と同様のものを用いて大丈夫です。
ただし、キーキャップとの干渉を防ぐため、目安の線を引いておくと確実です。

• 画面右のレイヤーマネージャのF.Fabを選択し、円を追加をクリック。
  
• テンプレートの範囲外の何もないところに円を追加する。
  
• 追加した円を選択し、Eキーを押してノブの半径を入力する。
  
• ロータリーエンコーダ用の穴でEキーを押してXY座標の値をコピーする。
  
• 追加した円をもう一度選択し、Eキーを押してXY座標の値をペーストしてOKをクリックする。
  

複数のレイアウトをサポートするようなプレートを作る場合は、フットプリントから作成する必要があるため、本手順では一旦割愛させていただきます。

なんとなく完成品のイメージが湧くと思うので、基板の色^[3]を変更してみてもいいと思います。

• 3Dビューアーで設定→色の選択→ハンダ マスクの色をクリックして基板の色を変更する。