自宅でできるin silico創薬【新薬探索編】 ~初心者でもできる”おうち創薬”~

自宅でできるin silico創薬【新薬探索編】 ~初心者でもできる”おうち創薬”~

01📕 前書き 02構成(目次)03📘 第0章　創薬の仕組み 04📘 第1章　RF Diffusionによるタンパク質バインダーの創出 05📰 RF Diffusion、Protein MPNN、AF2とは 06📰 RF Diffusion、ProteinMPNN、AF2を使った一連のin silico創薬 07📰 結合剤の生成アニメーション 08📰 結果 09📰 既存の阻害剤構造との重ね合わせ 10📘 第2章　PyRxによるin silico スクリーニング 11📰 治療したい疾患、標的タンパク質の決定 12📰 タンパク質の準備 13📰 低分子化合物ライブラリの準備 14📰 In silicoスクリーニング 15📰 結合サイトの可視化 16📘 第3章　Autodock Vinaを使ったin silicoスクリーニング 17📰 AutoDock Vinaとは？18📰 ZINCデータベースからの化合物ライブラリの構築 19📰 GridBoxの作り方 20📰 In silicoスクリーニングの設定 21📰 In silicoスクリーニング 22📰 結果 23📘 第4章　Dockstringを使ったin silicoスクリーニング 24📰 Anacondaによる環境構築 25📰 DockStringの使用環境の準備 26📰 In silicoスクリーニング 27📰 結合サイトの可視化 28📘 第5章　ACFIS2.0によるFragment-based drug design (FBDD)29📰 Fragment-based 創薬、ACFIS2.0とは 30📰 タンパク質のinput、ライブラリの選定 31📘 第6章【AI創薬】機械学習を用いたin silico screening 32📰 AI創薬とは 33📰 第1節　公共データベース（CheMBL)からの機械学習の学習データを収集 34📰 Postgre SQL（データベースの作成）35📰 pgadmin4を用いた学習データのダウンロード 36📰 活性非活性データの追加 37📰 第2節　公共データベース（PDB)からのデータを収集 38📰 Webデータ構造の確認 39📰 リガンド情報のスクレイピング 40📰 第3節　機械学習の学習データの整形 41📰 CheEMBLとPDBデータのマージ 42📰 構造データからのフィンガープリントの作成 43📰 第4節　整形データを用いた予測モデルの作成 44📰 データの準備とモデルの訓練 45📰 モデルの評価と統計指標の計算 46📰 最終節　予測モデルによる候補化合物のin silico screening 47📰 Drug Bankからの対象データの出力 48📰 Drug Bankデータの整形 49📰 in silico screening 50📰 結果 51📘 第7章プベルル酸の毒性予測と治療薬への可能性の模索 52📰 Ligand-based screeningとは 53📰 プベルル酸の腎毒性予測 54📰 SwissTargetPredictionによるプベルル酸の標的タンパク質予測 55📰 Swiss Similarityによるプベルル酸のインフルエンザ薬への可能性 56📘 第8章 CASTpを使ったタンパク質結合サイトの探索 57📰 CASTpとは 58📰 タンパク質の下準備 59📰 CASTpによるポケット探索 60📰 結果 61📰 ポケットの可視化 62📘 第9章：タンパク質-リガンドの相互作用可視化 63📰 PoseViewとは 64📰 PoseViewを使ったタンパク質ーリガンドの相互作用解析 65📘 第10章：Sminaを使ったin silicoスクリーニング 66📰 Sminaの説明とタンパク質準備 67📰 化合物ライブラリのイオン原子の除去 68📰 化合物ライブラリの水素、電荷付加、3D構造化、エネルギー最小化 69📰 Sminaの環境構築 70📰 configファイルの設定 71📰 Sminaによるin silico screening 72📰 結果 73📘 第11章：Pharmitを使ったファーママコフォア類似検索による新薬候補探索 74📰 ファーマコフォアとPharmitとは？75📰 Pharmitを使った薬物候補化合物探索 76📰 結果 77📘 第12章：FEgrowを用いたアクティブラーニングによる化合物スクリーニング 78📰 FEgrowとアクティブラーニング（Active Learning）とは？79📰 環境構築 80📰 FEgrowによるアクティブラーニングの実行 81📰 全体の流れ：AIを使った新しい薬の候補探し 82📰 結果の可視化 83📕 後書き 84📰 使用ツール、ライセンス一覧

Chapter 19

📰 GridBoxの作り方

LabCode（ラボコード）

2025.08.10に更新