Chapter 22無料公開

第4章 Dockstringを使ったin silicoスクリーニング

LabCode(ラボコード)
LabCode(ラボコード)
2024.10.26に更新
このチャプターの目次

本章はDockStringを使ったIn silico screeningの記事です。この章が理解できると、コードだけでIn silicoスクリーニングができます。
第3章でGUIを使った方法を用いているので、内部まで理解したい方は第3章をご覧ください。

動作検証済み環境

Apple M1 Pro, MacOS 14.6.1, JupyterLab

Dockstringとは

DockStringは、化合物のSMILES表記を使って分子ドッキングを簡単に実行できるPythonパッケージです。薬物設計のためのデータセットとベンチマークタスクを提供し、ドッキング結果を基にした評価をサポートします。このツールはLinuxとMacに対応しており、分子の結合評価やリガンド設計に役立ちます。インストールはCondaで行い、RDKitやOpenBabelというソフトウェアを使います。

Imageはdockstringのサイトより引用
DOCKSTRING: a python package for easy molecular docking in 1 line of code.

参考資料

https://github.com/dockstring/dockstring

https://www.kaggle.com/code/hideakiogasawara/docking-simulation-using-dockstring

https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/acs.jcim.1c01334