このチャプターの目次
本章はDockStringを使ったIn silico screeningの記事です。この章が理解できると、コードだけでIn silicoスクリーニングができます。
第3章でGUIを使った方法を用いているので、内部まで理解したい方は第3章をご覧ください。
動作検証済み環境
Apple M1 Pro, MacOS 14.6.1, JupyterLab
Dockstringとは
DockStringは、化合物のSMILES表記を使って分子ドッキングを簡単に実行できるPythonパッケージです。薬物設計のためのデータセットとベンチマークタスクを提供し、ドッキング結果を基にした評価をサポートします。このツールはLinuxとMacに対応しており、分子の結合評価やリガンド設計に役立ちます。インストールはCondaで行い、RDKitやOpenBabelというソフトウェアを使います。
Imageはdockstringのサイトより引用
DOCKSTRING: a python package for easy molecular docking in 1 line of code.
参考資料