ケモインフォマティクス理論(化学記述子編)
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ケモインフォマティクス理論(化学記述子編)
ケモインフォマティクス理論(化学記述子編)
01はじめに(この本は、製作初期段階です)02【1回目】ケモインフォマティクスの概要03本書で伝えること(筆者前書き)04本書の範囲051.1 データサイエンスとは何かと化学との関係061.2 QSAR, QSPR, QSSRとは何か071.3 QSAR, QSPR, QSSRの学びの順番08【演習】ケモインフォマティクスが学べるソフトウェアの学習サイト09【まとめ】ケモインフォマティクスの概要10【補足】化学構造の情報は用いないがケモインフォマティクスに関連する重要な分野11【参考文献】ケモインフォマティクスを学ぶための文献12【課題】ケモインフォマティクスの概要を知るための問題13【2回目】化合物のグラフ、行列、座標とデータ交換フォーマット142.0.1 表現方法における3つの視点(一意性(再現性)、情報量、解釈性)について152.0.2 化学構造の階層(名前、分子式、結合、3次元構造、電子状態)162.1.0 グラフとSMILESやInchiなど172.1.1 化学情報学で使われるSMILESについて詳しく解説182.1.2 化学情報学で使われる国際化学物質識別子(InChI)とInChIKeyについて詳しく解説192.2 行列を用いて隣接原子や電子的な関係を表す202.2.1 行列を用いて隣接原子や電子的な関係を表した例212.3 3次元座標と化合物の構造表現方法222.3.1 3次元座標と化合物の構造表現方法の具体例23【演習】様々な化学構造情報の変換に使用できるopenBabelのWEB版使用方法24【まとめ】化合物とグラフ、行列、座標25【補足】 molファイルやSDFファイル以外の3次元の化学構造の表現方法など26【参考文献】化学構造の表現方法などを学ぶ27【課題】化合物のグラフ、行列、座標とデータ交換フォーマットを理解するための問題演習28【3回目】化合物と異性体、2次元から3次元変換、反応表現293.0 化合物の情報の重複を防ぎ、情報を拡張303.1 単体と混合物(互変異性体とキラリティー等)を判別313.2 立体判定323.3.1 反応表現333.3.2 反応表現の手法34【演習】openBabelのWEB版使用方法その235【まとめ】化合物と異性体、2次元から3次元変換、反応表現36【補足】入れられなかったこと37【参考文献】化合物と異性体、2次元から3次元変換、反応表現を学ぶ38【課題】化合物と異性体、2次元から3次元変換、反応表現を理解するための問題39【4回目】化学的なデータと型、種類、データベース404.0 科学におけるデータの取り扱い414.1 化学的なデータ424.2 情報の抽出と保存434.3 具体的なデータベース44【演習】OCHEMの簡単な使い方45【まとめ】化学的なデータと型、種類、データベース46【補足】入れられなかったこと47【参考文献】化学的なデータと型、種類、データベースを学ぶ48【課題】化学的なデータと型、種類、データベース49【5回目】構造記述子と0から4次元505.0 分子記述子とは何か515.1.1 0と1次元の分子記述子525.1.2Finger Printの作成とMorganアルゴリズムについて535.2 2次元や2.5次元の分子記述子54【まとめ】構造記述子(化学記述子)55【補足】入れられなかった内容56【参考文献】分子記述子を学ぶ57【課題】構造記述子を理解するための問題58【6回目】計算化学と経験的手法, 分子力学法、分子軌道法596.0 計算化学による予測とは606.1.1 物性計算の経験的アプローチ(3次元構造の自動生成)616.1.2 物性計算の経験的アプローチ PEOEとは何か626.2 分子力学法63【演習】openbabelでの構造の自動生成64【まとめ】計算化学と経験的手法, 分子力学法、分子軌道法65【補足】入れられなかったこと66【参考文献】計算化学と経験的手法, 分子力学法、分子軌道法を学ぶ67【課題】計算化学と経験的手法, 分子力学法、分子軌道法を理解するための問題68【7回目】化合物検索と完全、部分、類似一致697.0 類似性と化合物の検索707.1 完全構造検索717.2 部分構造検索727.3 類似構造検索73【演習】pubchemでの構造検索74【まとめ】化合物検索と完全、部分、類似一致75【補足】入れられなかった内容76【参考文献】化合物検索と完全、部分、類似一致を学ぶ77【課題】化合物検索と完全、部分、類似一致を理解するための問題78【8回目】 化学データの機械学習と概要、前処理、初期検討798.0.1 機械学習を行う前に把握しておくこと808.1 データの前処理81【まとめ】化学データの機械学習と概要、前処理、初期検討82【補足】入れられなかったこと83【参考文献】 化学データの機械学習と概要、前処理、初期検討を学ぶ84【課題】 化学データの機械学習と概要、前処理、初期検討を理解するための問題85あとがき
Chapter 85

あとがき

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2025.08.18に更新