Bio-image Analysis Notebooks :医学生物学画像をPythonで解析

Bio-image Analysis Notebooks :医学生物学画像をPythonで解析

010️⃣ 事前準備 021️⃣ 画像解析の基礎1 - Numpy array -031️⃣ 画像解析の基礎2 - 読み込み/表示 -041️⃣ 画像解析の基礎3 - 明るさとコントラスト -051️⃣ 画像解析の基礎4 - 画像の計算処理 -061️⃣ 画像解析の基礎5 - 画像のトリミング -071️⃣ 画像解析の基礎6 - Indexで画像を2値化 -081️⃣ 画像解析の基礎7 - マルチチャンネル画像 -091️⃣ 画像解析の基礎8 - Normalization -102️⃣ ファイル形式 - 画像のメタデータ -112️⃣ ファイル形式 - AICSImageIO, BioIO -122️⃣ ファイル形式 - CZIファイルを開く -132️⃣ ファイル形式 - LIFファイルを開く -142️⃣ ファイル形式 - tifのスタック画像 -152️⃣ ファイル形式 - タイル画像ファイル形式: zarr -162️⃣ ファイル形式 - 各ファイル形式の長所と短所 -173️⃣ 機械学習の基礎 - 教師あり学習 -183️⃣ 機械学習の基礎 - 教師なし学習 -193️⃣ 機械学習の基礎 - 値のスケーリング -204️⃣ 3D画像の可視化 - 多次元スタック画像 -214️⃣ 3D画像の可視化 - pyclesperanto -224️⃣ 3D画像の可視化 - napariビューアー -235️⃣ 画像フィルタ - 概要 -245️⃣ 画像フィルタ - 畳み込み convolution -255️⃣ 画像フィルタ - ノイズ除去フィルタ -265️⃣ 画像フィルタ - 背景除去フィルタ -275️⃣ 画像フィルタ - ガウスフィルターを使った明るさムラの補正 -285️⃣ 画像フィルタ - エッジ検出 -295️⃣ 画像フィルタ - SimpleITK -306️⃣ デコンボリューション - 概要 -316️⃣ デコンボリューション - 点拡がり関数の決定 -326️⃣ デコンボリューション - Richardson-Lucy-DeconvolutionをGPUで -337️⃣ 空間変換 - 座標系 -347️⃣ 空間変換 - スライス操作 -357️⃣ 空間変換 - 画像サイズのスケーリング -367️⃣ 空間変換 - Scikit-imageを使ったアフィン変換 -377️⃣ 空間変換 - Scipyを使ったアフィン変換 -387️⃣ 空間変換 - CuPyを使ったアフィン変換 -397️⃣ 空間変換 - clesperantoを使ったアフィン変換 -407️⃣ 空間変換 - ピクセル座標と物理座標 -417️⃣ 空間変換 - ダウンサンプリングと補完 -427️⃣ 空間変換 - Stitching -438️⃣ セグメンテーション - 概要 -448️⃣ セグメンテーション - 用語 -458️⃣ セグメンテーション - 二値化 -468️⃣ セグメンテーション - 閾値処理 -478️⃣ セグメンテーション - 接している物体の分離-488️⃣ セグメンテーション - ラベル画像 -498️⃣ セグメンテーション - ガウスぼかしと閾値処理 -508️⃣ セグメンテーション - 接している物体のラベル付け -518️⃣ セグメンテーション - Voronoi-Otsu-labering -528️⃣ セグメンテーション - バイナリ画像にVoronoi-Otu-labeling -538️⃣ セグメンテーション - Erode処理とOtsuラベリング-548️⃣ セグメンテーション - 細胞膜データを使って細胞を分離 -558️⃣ セグメンテーション - 細胞膜外にラベルが漏れるのを防ぐ -568️⃣ セグメンテーション - 3次元画像 -579️⃣ セグメンテーションの機械学習 - Scikit-learnによるピクセル分類 -589️⃣ セグメンテーションの機械学習 - GPUでオブジェクトセグメンテーション -599️⃣ セグメンテーションの機械学習 - GPUでピクセル分類 -609️⃣ セグメンテーションの機械学習 - Napariでセグメンテーション-619️⃣ セグメンテーションの機械学習 - マルチチャンネル画像のピクセル分類 -629️⃣ セグメンテーションの機械学習 - 確率マップ -639️⃣ セグメンテーションの機械学習 - フォルダ内画像からモデルの学習 -649️⃣ セグメンテーションの機械学習 - feature stacks -659️⃣ セグメンテーションの機械学習 - 特徴量の選択 -66🔟 セグメンテーションの深層学習 - CellPose -67🔟 セグメンテーションの深層学習 - StarDist -

Chapter 58

9️⃣ セグメンテーションの機械学習 - GPUでオブジェクトセグメンテーション -

Ryota Chijimatsu

2023.10.23に更新