MacOSXへのjupyter notebookとr-essentialsのセットアップ手順メモ
MacOSX上に、jupyter notebookとr-essentialsを
セットアップする手順をメモとして残しておきます。
jupyter notebookのインストールは、以下を参考にしています。
Installing Jupyter Notebook
Jupyter and conda for R
Anaconda/jupyterのセットアップ
まずは、Anacondaをセットアップします。
pyenvがセットアップされている前提で、
以下のように、Anacondaをインストールします。
$ pyenv install anaconda3-4.0.0
次のように、jupyter用の作業パスを作成して、
使用するpythonのバージョンをanacondaに指定します。
$ mkdir ~/jupyter && cd $_
$ pyenv local anaconda3-4.0.0
$ python --version
Python 3.5.1 :: Anaconda 4.0.0 (x86_64)
以下のコマンドで、jupyter notebookを起動することが出来ます。
ブラウザが起動して、以下のような画面が表示されているはずです。
$ jupyter notebook
起動を確認したら、Ctrl+Cでいったん終了しておきます。
R-essentialsのセットアップ
Rをインストール済みの場合は、以下の手順に従って削除しておいた方が混乱が無いと思います。
（もちろん削除して問題が無いのであればですが、）
Uninstalling under OS X | R Installation and Administration
以下のコマンドでcondaからRをインストールします。
$ conda install -c r r-essentials
jupyterでRを使ってみる
もう一度、以下のコマンドで、jupyter notebookを起動します。
$ jupyter notebook
右側の「New」メニューから「R」が選択出来るようになっているので、
「R」を選択してノートを作成します。
後は、以下のようにRのコマンドを入力してShift+Enterで実行することが出来ます。
別途インストールしなくても、dplyrやggplot2も使えます。
head(iris)
head(dplyr::filter(iris, Sepal.Length>5))
library(ggplot2)
g = ggplot(data=iris, mapping=aes(x=Sepal.Width, y=Sepal.Length, color=Species))
g + geom_point()
このエントリでは、condaでRをインストール方法を示しましたが。
IRkernelを使ってRと連携する方が、いろいろ柔軟な気がするので、
そちらの方法についても、後ほど手順を整理しようと思っています。
IRkernel
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