[Groovy][QuPath] 章1 QuPath インストール
※ 画像解析ソフトQuPathに関する本を執筆中。完成した章から公開していく。
はじめに
QuPathは各社スライドスキャナーの拡張子に対応した無料のviewer & analyzerである。扱いやすいROI作成ツールに加え、陽性面積や細胞検出などをwhole slide imageで簡単に行うことができる。
QuPathにはメニュー画面には無い隠れた機能が豊富に存在する。それらを操るにはGroovy言語によるscriptingが必要である。
QuPath scriptingに馴染むことができれば、一連の解析パイプラインを作成し、それを複数データに一括でバッチ処理することが可能になる。それ以上に、機能のカスタムやImageJとの連携など解析の自由度が格段に増すことになる。
本書では、簡単なGroovy scriptingから、QuPathでのデータ階層、解析の高速化、複雑なアノテーション操作、機械学習用のタイル画像作成などを紹介する。
開発者のPete BankheadがYoutubeで紹介している内容や、公式ドキュメントの内容を前半に紹介し、後半ではImageForum等での議論などを基に私が作成したスクリプトや解析例を紹介する。
なお本書は2023年3月時点で最新のversionであるv.0.4.3のQuPathを使用する。
※ 本書の解析はwindows 11の環境で行っており、その他OSについては検証していない。
インストール
ブラウザでqupathと検索するとトップにヒットする。
リンクから最新のv0.4.3のインストーラーをダウンロードし、自身のPCにインストールする。
インストールが終わると、デスクトップにQuPathとQuPath (console)というアイコンが作成される。
どちらを使用しても構わない。QuPath (console)で立ち上げるとconsole画面とともにソフトウェアが立ち上がり、QuPath使用中のログが確認できるが、console画面から行える操作があるわけでもないので特に使用する場面はない。
ちなみにGithubからソースコードを得ることもできる。(こちらも特に使用する場面はない。)
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