
In silicoペプチド創薬の教科書
📰 概要 In silicoペプチド創薬の技術を体系的に学び、実験に進む前段階を“PCだけ”で完結させたい方へ。 本書は、Wetでペプチド創薬を専門にしていた著者が、その後 in silico 創薬を学び、 ペプチド創薬を「In silico」という視点から整理・実装した技術書です。 環境構築から具体的な操作方法、つまずきやすいポイントやエラーの考え方まで含め、 「In silicoペプチド創薬を自分の研究に取り入れる」ことをゴールに構成しています。 本書で紹介する手法は、近年の論文で実際に用いられているアプローチを中心としております。 この一冊を通して、In silico ペプチド創薬を学び、実験設計や論文化へとつなげてみませんか。 👫 対象とする読者 ・ペプチド創薬に興味はあるが、In silicoは未経験の方 ・in vitro スクリーニングの限界を感じ、新しい探索手法を探している研究者 ・低分子の in silico 創薬経験はあるが、ペプチドには踏み出せていない方 ・自分のペプチド配列を、計算機上で評価・比較したい方 💰 販売価格 期間限定で ¥3000→¥2000 (約33% OFF!!)で販売しております! 本技術書は随時アップデートされます。 一度ご購入いただいた方は、今後のアップデートも追加料金なしでご利用いただけますので、ご安心ください。 📰 アップデート情報 2026/01/24: リリースしました!
Chapters
まえがき
構成(目次)
📘 第0章:創薬モダリティとしてのペプチド
📘 第1章:RFPeptide、Protein MPNN、AlphaFoldを用いた新規環状ペプチドの創出
📰 RFPeptideとは?
📰 RFPeptideの仕組み
📰 RFPeptideの環境構築
📰 RFPeptideの実行
📰 RFPeptideの実行結果
📰 ProteinMPNNとは?
📰 ProteinMPNNの環境構築
📰 ProteinMPNNの実行
📰 ProteinMPNNの実行結果
📰 AlphaFold2での構造予測
📰 AlphaFold2での構造予測結果
📘 第2章:Autodock CrankPepによる環状ペプチドの分子ドッキング
📰 Autodock CrankPepとは?
📰 Autodock CrankPepの環境構築
📰 Autodock CrankPepの実行
📰 Autodock CrankPepの実行結果
📘 第3章:PRODIGYを用いた環状ペプチド-タンパク質結合エネルギーの予測
📰 PRODIGYとは?
📰 PRODIGYのアルゴリズム
📰 PRODIGYのブラウザからの利用
📰 PRODIGYの実行結果
📰 PRODIGYのコマンドラインからの利用(環境構築)
📰 PRODIGYのコマンドラインからの利用(実行)
📰 PRODIGYのコマンドラインからの利用(結果)
📘 第4章:環状ペプチドのin silico screening
📰 ライブラリ、HELM形式、アラニンスキャニング、ホモログスキャニングとは?
📰 環状ペプチドライブラリ構築の環境構築
📰 環状ペプチドライブラリ構築の実行コード
📰 環状ペプチドライブラリ構築のコード詳細解説
📰 環状ペプチドライブラリ構築の結果
📰 環状ペプチドのin silico screeningの流れ
📰 環状ペプチドのin silico screeningの環境構築
📰 環状ペプチドのin silico screeningの実行コード
📰 環状ペプチドのin silico screeningのコード詳細解説
📰 環状ペプチドのin silico screeningの結果
📘 第5章:mobiusによるベイズ最適化を用いたペプチドin silicoスクリーニング
📰 mobius、ベイズ最適化(Bayesian Optimization)とは?
📰 mobius環境の構築
📰 mobiusによるベイズ最適化の実行
📰 mobiusによるベイズ最適化のコード解説
📰 結果の可視化
あとがき
謝辞
共同研究について
書評:バイオインフォマティクス研究支援事業を手がけている くろたんくLabさま より
Author
研究で使えるプログラミングの情報をブログで発信しています。 プログラミングで研究の質をあげませんか? 初心者でも学べます! Youtube動画でも学べます! youtube.com/@LabCodeTube
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